Muzeu Historik i Shkodrës ka gjurmët e veta që në shekullin XIX me koleksionet e hershme të etërve françeskanë dhe jezuitë, të cilët ruanin gjetje të epokave të ndryshme. Zyrtarisht në formë të përqëndruar, ka filluar të organizohet që në vitin 1947 nën emërtimin “Muzeu Popullor”, por mori formë të plotë më 1949. Ai u vendos në qendër të qytetit, në një ndërtesë monumentale të shekullit XIX, vlerat e së cilës ia shtonte “Kulla e Sahatit” bashkëngjitur me të. Muzeu fillimisht u ngrit mbi bazën e koleksioneve të vjetra të kuvendeve të Jezuitëve dhe të Françeskanëve, themeluar që nga fundi i shekullit të XIX, si dhe nga koleksione të familjeve shkodrane, gjetjeve të rastit dhe gërmimeve arkeologjike.

Në vitin 1953, me pasurimin e mëtejshëm, u bë riorganizimi i Muzeut Historik të Shkodrës, duke u ndarë në disa sektorë, ku për shkak të ideologjizimit të sistemit monist, përparësi mori ai i Luftës Nacional-Çlirimtare dhe i ndërtimit socialist. Gjatë viteve në vazhdim, u krijuan edhe muze dhe shtëpi-muze të tjera, duke formuar një rrjet muzeal prej 7 qendrash muzeale.

Pas ndryshimit të sistemit në fillim të viteve 1990, ky rrjet muzeal u shpërbë, duke mbetur në funksion vetëm Muzeu qëndror ku u grumbulluan të gjitha objektet muzeale të qendrave muzeale të mëparshme. Më pas, ato janë shtuar përmes dhurimeve, blerjeve, gjetjeve të rastit dhe gërmimeve arkeologjike. 
Në vitin 1996, Muzeu Historik u transferua në banesën monumentale të restauruar, një shtëpi karakteristike shkodrane, e quajtur “Oso Kuka”, ku ndodhet edhe sot. Paralelisht me të, vazhdon të funksionojë edhe Muzeu i Kalasë “Rozafa”, i vendosur në godinën e Kapitenerisë, i cili ka hyrë në efiçencë në vitin 1987.

Muzeu Historik i Shkodrës është muze lokal dhe bën pjesë në rrjetin e institucioneve kulturore në varësi të Bashkisë së Qytetit, të cilën e financon. Ai përbëhet nga Muzeu qendror (i vendosur në shtëpinë e Oso Kukës) dhe Muzeu i Kalasë “Rozafa”. Funksioni i tij është promovimi i historisë dhe traditave kulturore lokale dhe kombëtare tek qytetarët e komunitetit, si dhe brenda dhe jashtë vendit. Gjatë gjithë ekzistencës së tij, ka kryer edhe veprimtari kërkimore në nivel lokal, duke aktivizuar bashkëpunëtorë të shumtë, specialistë dhe dashamirës të kulturës. Brenda qytetit ai bashkëpunon me sukses me Universitetin “Luigj Gurakuqi”, Bibliotekën “Marin Barleti”, Galerinë e Arteve dhe Teatrin “Migjeni”, si dhe me institucione të tjera në Shqipëri dhe rajon.

Muzeu Historik i Shkodrës organizon periodikisht aktivitete, konferenca dhe seminare me tematika të ndryshme. Ai ka arritur deri më sot të publikojë një seri librash, revistash e albumesh me karakter shkencor-promocional. Për një periudhë kohe, Muzeu ka publikuar revistën e vet “Kumtari” me 9 numra.

Gjithashtu, Muzeu Historik ka arritur të publikojë 10 vëllime me materiale të Seminarit “Shkodra në shekuj”, ku përfshihen studime në fushat e historisë, arkeologjisë, etnologjisë, folklorit, gjuhësisë, letërsisë dhe arteve. Muzeu Historik i Shkodrës ndahet në tre seksione kryesore, ku përfshihen fondet perkatëse dhe biblioteka e cila përmban fondin e trashëguar dhe fondin e librave të dhuruar nga Arshi Pipa në vitin 1995. Ky fond shërben si burim studimesh shkencore për stafin punonjës në veprimtarinë e tij.

  • Pavioni ekspozues i Arkeologjisë
  • Pavioni ekspozues i Etnografisë
  • Fondi Arkivor

Pinakoteka është një sallë e re e inauguruar me rastin e 100-vjetorit të Pavarësisë së Shqipërisë dhe përmban vepra në pikturë e skulpturë të autorëve vendas dhe të huaj. Spikasin emra të mirënjohur shqiptarë të artit të pikturës si: Idromeno, Rrota, Jani, Keraj, Lulani, Paci, Kruja, etj.

Përveç fondit të veprave të artit figurativ në të gjenden eksponate që dëshmojnë për një veprimtari të gjallë kulturore në qytetin e Shkodrës, si në muzikë me Palok Kurtin e Prenkë Jakovën, ashtu edhe me fotografinë e Marubit etj.

Muzeu i Keshtjellës “Rozafa”

Muzeu i kështjellës i ndodhur në kalanë “Rozafa”, është aneks i Muzeut Historik Shkodër dhe përmban në vetvete objekte që përveçse japin një informacion të përgjithshëm historik, jep edhe të dhëna më të gjëra për historinë 2500-vjeçare të Shkodrës dhe historinë e Kalasë legjendare “Rozafa” si qendër e rëndësishme e komplet historisë së qytetit të Shkodrës. Kalaja përveç historisë interesante mijëvjeçare, të ofron pamje të një peizazhi fantastik të qytetit dhe liqenit bashkë me lumin Bunë që rrethojnë këtë hapësirë.